Prema popisu iz 1991, Trebinje je imalo 30.879 stanovnika, od čega 69,3% Srba, 17,9% Bošnjaka (što je otprilike 5.500 ljudi) i 4% Hrvata. Trebinje se našlo pod kontrolom lokalnih srpskih ekstremista na čelu s Božidarem Vučurevićem krajem 1991, kada je služilo kao glavna komandna i artiljerijska baza za opsadu Dubrovnika. Smatralo se jednim od simbola za ostvarenje jednog od šest strateških ciljeva, to jest izlaza na more. Optuženi je znao da ekstremističke snage pod okriljem "Srpskog pokreta obnove" (Beli orlovi) stvaraju probleme u tom području. Trebinje je proglašeno sjedištem samoproglašene Srpske autonomne oblasti istočna Hercegovina nakon odlaska JNA maja 1992. Božidar Vučurević se nalazio na čelu lokalne SDS, a kasnije je postao i predsednik Kriznog štaba. Godine 1992, Vojislav Šešelj je posjetio opštinu i izrazio svoju podršku Srpskoj autonomnoj oblasti. Vučurević je prisustvovao tom mitingu.
Šverc oružja u tom kraju počeo je već 1990. Oružje namenjeno TO u hrvatskim i bošnjačkim područjima bilo je premešteno ili je Bošnjacima i Hrvatima onemogućen pristup tom oružju, da bi ono potom bilo masovno dijeljeno lokalnim Srbima, muškarcima. Oružje je donošeno u Trebinje i iz UDB u Prištini. JNA je počela tješnje sarađivati sa Vučurevićem i SDS, a naročito sa KOS. Jedinice posebne namjene MUP Srbije pod komandom Frenkija Simatovića učestvovale su u operacijama čišćenja u području Trebinja.
U januaru 1992, načelnik policije SAO Hercegovina, Krsto Savić, naredio je načelniku trebinjske policije da očisti policiju od Bošnjaka. Na sastanku načelnika policije SAO Hercegovina koji je održan ubrzo nakon toga, ostali su se načelnici hvalisali da su svoje policijske snage etnički očistili, a načelnik trebinjske policije je otpušten i uhapšen.
Prema tvrdnjama SDA, oko 1.000 Bošnjaka, većinom vojno sposobnih muškaraca, pobjeglo je iz Trebinja kada je počeo rat u BiH. No, većina je muškaraca Bošnjaka provela i do 11 meseci boreći se uz lokalne Srbe protiv Hrvata i ostalih Bošnjaka. Rezervisti JNA i neregularna srpska vojska su krajem 1991. opustošili i spalili većinski hrvatsko selo Ravno.
Etničko čišćenje dostiglo je vrhunac u januaru 1993, kada su srpske paravojne grupe zlostavljale Bošnjake. U okviru Vance-Owenovog plana, to je bila jedna od tri regije kojom je trebalo da dominiraju Srbi. Svi Bošnjaci koji su se borili na srpskoj strani demobilisani su i razoružani. Prijećeno im je telefonom, u njihova su dvorišta bacane ručne bombe, a srpska vojska je po bošnjačkim kućama pljačkala šta god bi htela, od novca i zlata do automobila i namještaja.
Dana 22. januara 1993, spaljena je Osman pašina džamija, najveća džamija u Trebinju. Isto je zadesilo i veliki broj bošnjačkih kuća, radnji i spomenika. Dana 25. januara, Bošnjaci su ispred Vučurevićeve kancelarije organizovali protestni zbor na kojem su tražili da im se obezbijedi zaštita. Vučurević je u govoru za javnost izjavio da njegova "vlada nije u mogućnosti da obezbedi sigurnost Muslimanima." To je dovelo do egzodusa preko 3.000 Bošnjaka iz Trebinja.
Predstavnici PMEZ su 28. januara otišli da se sastanu s Vučurevićem. Bošnjačke porodice su im rekle da je džamija prethodne noći dignuta u vazduh i spaljena. Tim PMEZ je imao utisak da ih tog dana dok su čekali na sastanak s Vučurevićem "zamajavaju i zadržavaju van grada". Kada su se napokon sastali s Vučurevićem, on je zvanično izjavio da Bošnjake niko nije prisilio da odu i da je odlazak Bošnjaka iz Trebinja veliki gubitak za cijelu zajednicu. Optuženi je tokom februara 1993. obaviješten da je neminovan odlazak oko 4.000 izbeglica iz Trebinja. PMEZ je takođe 2. marta 1993. uputio Karadžiću i Mladiću protestna pisma u vezi s prisilnim egzodusom Bošnjaka iz Trebinja.
