Godine 1991, Sanski Most je imao 60.119 stanovnika, od kojih su 47,04% bili Bošnjaci, 42,20% Srbi, a 10,75% njih se izjasnilo kao "ostali". Godine 1995, bosanski Srbi činili su 88% stanovništva, pošto su iz opštine uspješno etnički "očistili" gotovo 25.000 stanovnika muslimanske vjeroispovjesti i preko 3.000 stanovnika katoličke vjeroispovjesti.
SDS je pobjedila na prvim opštinskim izborima u Sanskom Mostu početkom 1991. godine i insistirala na tome da svi položaji u organima vlasti pripadnu Srbima. Nedjeljko Rašula iz SDS bio je predsjednik Skupštine opštine. Početkom aprila 1992. godine, Skupštine opštine Sanski Most zasjedala je posljednji put. Dana 3. aprila 1992. godine, Srpska skupština Sanskog Mosta donijela je odluku o pripajanju Autonomnoj Regiji Krajina.
Kad je 1991. godine započeo rat u Hrvatskoj, u opštini su se pojavili kontrolni punktovi na kojima su bili lokalni policajci, pripadnici TO i rezervisti vojne policije. Već u novembru 1991. godine, Štab TO Sanski Most primao je uputstva od 5. korpusa JNA o skladištenju, održavanju i preuzimanju oružja. U periodu od kraja februara do aprila 1992. godine, u vazduh su dignuti mnogi objekti u vlasništvu Bošnjaka.
Početkom aprila, na to područje je stigla 6. krajiška brigada i zauzela položaje oko Sanskog Mosta. Srpska policija i vojno osoblje u aprilu su započeli postepeno preuzimanje vlasti, počevši sa Službom društvenog knjigovodstva, nakon čega su uslijedili radio stanica, banka, Dom zdravlja, škole, fabrike i glavna preduzeća. Direktori koji nisu bili Srbi smijenjeni su s položaja, a ostalim nesrbima je rečeno da se ne vraćaju na posao.
Dana 16. aprila 1992. godine, Skupština srpskog naroda osnovala je Srpsku opštinu Sanski Most. Dana 17. aprila 1992. godine, Srbi su podijelili policijske snage u Sanskom Mostu i osnovali vlastite policijske snage. Srpske vlasti su od svih nesrba zahtijevale da potpišu zakletvu o lojalnosti Srbima. Oni koji su odbili da potpišu bili su otpušteni.
Dana 19. aprila 1992. godine, Nedeljko Rašula je kontaktirao predstavnike SDA u zgradi opštine i naredio im da predaju sve oružje i napuste zgradu. Nasilno preuzimanje vlasti u Sanskom Mostu izveli su srpska policija i pripadnici Rašuline paravojne grupe Srpske dobrovoljačke garde ("SOS").
Nakon napada na opštinsku zgradu, 21. aprila 1992. godine, dvojica članova srpskog Kriznog štaba dobila su uputstvo da posjete vođstvo regionalnih vlasti ARK, kako bi dobili upute za daljnje djelovanje u opštini. Na istom sastanku Krizni štab je preuzeo odgovornost za usmjeravanje i koordinaciju rada policije i TO u Sanskom Mostu. Naknadne odluke Kriznog štaba pokazuju da je on efektivno preuzeo sve aspekte života u Sanskom Mostu. Do 24. aprila 1992. godine, svi glavni objekti u Sanskom Mostu bili su pod kontrolom 6. partizanske brigade 5. korpusa JNA, srpske TO i policije.
Prvi opšti zahtijev Srba za razoružanje nesrpskog stanovništva izdat je početkom maja. U drugoj polovini maja 1992. godine, sloboda kretanja nesrpskog stanovništva ograničena je kontrolnim punktovima. Dana 7. maja 1992. godine, na osnovu naloga Kriznog štaba ARK prema kojem u ARK vlada ratno stanje, Krizni štab Sanskog Mosta postaje Ratni štab. Počevši od 30. maja 1992. godine, pukovnik Basara, komandant 6. partizanske brigade, postaje član Kriznog štaba Sanski Most.
Dana 11. maja 1992. godine, dva člana Kriznog štaba dobila su instrukcije da razgovaraju s Radoslavom Brđaninom o razoružavanju bošnjačkog i hrvatskog stanovništva u Sanskom Mostu. Razoružavanje paravojnih formacija trebalo je koordinisati s opštinama Prijedor i Ključ. Dana 12. maja 1992. godine, general Talić je izvijestio da snage pod njegovom komandom kontrolišu Sanski Most. Krizni štab Sanskog Mosta pružio je logističku podršku 6. partizanskoj brigadi i s njom sarađivao u razoružavanju stanovništva. Dana 21. maja 1992. godine, Krizni štab je utvrdio 24. maj 1992. godine kao krajnji rok za predaju oružja. Teritorijalna odbrana i VRS bili su zaduženi da sprovedu razoružanje do isteka tog roka.
Krajem maja, Krizni štab je izdao i spisak Bošnjaka za koje se tvrdilo da su pripadnici "Zelenih beretki" i da se moraju predati srpskim vlastima. To su bili istaknuti bošnjački intelektualci i imućni ljudi, a ne ljudi koji su pripadali bilo kakvim organizovanim snagama otpora. Tokom maja i juna 1992. godine izvršena su brojna hapšenja Bošnjaka i Hrvata u Sanskom Mostu. Uhapšeni su odvođeni u privremene zatočeničke objekte u sportskoj dvorani, školi, Betonirki, Kringsu i policijskoj stanici, gde su ih ispitivali i većinu surovo tukli. Gotovo svi uhapšeni nesrbi na koncu su završili u Manjači, logoru pod kontrolom VRS.
Dana 27. maja 1992. godine, srpska vojska granatirala je pretežno bošnjačko selo Hrustovo, što je trajalo do 31. maja. Dana 31. maja, srpski vojnici u maskirnim uniformama ubili su oko 30 nenaoružanih žena i djece u garaži Ibrahima Merdanovića.
Dana 26. ili 27. maja 1992. godine, srpska artiljerija granatirala je bošnjačko područje Mahale u Sanskom Mostu. Kuće u Mahali su zapaljene. Dana 27. maja 1992. godine, komandant Štaba Civilne zaštite naredio je "da se sanira teren na području Mahale, Otoka i Muhića. Tela treba hitno sakupiti, identifIkovati i zakopati na za to određenom mestu". Srpske vlasti su znale da su u napadu na Mahalu ubijeni mnogi bošnjački civili.
Dana 29. maja, srpska vojska je napala pretežno bošnjačko selo Vrhpolje. Dana 31. maja 1992. godine, srpski vojnici su ušli u zaselak Begići u selu Kljevci, sakupili sve ljude iz Donjih Begića i odveli ih u Gornje Begiće. Odvojili su žene i djecu od muškaraca i sve muškarce odveli prema mostu u Vrhpolju. Muškarci Bošnjaci ubijeni su na putu prema mostu. Kod mosta su vojnici počeli da tuku muškarce i nekima od njih naredili da skoče s mosta. Kad bi skočili u rijeku, bili bi ubijeni.
Krajem maja 1992. godine, Krizni štab pod kontrolom Srba već je objavio svoju politiku prisilnog premještanja nesrpskog stanovništva Sanskog Mosta. Naglasio je da treba uspostaviti kontakt sa vodstvom ARK u vezi sa sprovođenjem ideje o premeštanju stanovništva.
Dana 1. juna 1992. godine, dva dana nakon pogubljenja nenaoružanih muškaraca Bošnjaka na mostu u Vrhpolju, pukovnik Basara, komandant 6. partizanske brigade, priznao je da su jedinice pod njegovom kontrolom počinile "genocid" protiv bošnjačkih civila. General Talić izvijestio je Glavni štab VRS da je u Ključu, Sanskom Mostu i Prijedoru zarobljeno 7.000 Muslimana. Dana 2. juna 1992. godine, Krizni štab Sanskog Mosta naredio je da se obezbijede mašinerija i ljudstvo za masovni pokop lica ubijenih u "borbenim operacijama" u Vrhpolju i Hrustovu.
Dana 4. juna 1992. godine, Krizni štab je riješio da bošnjačke i hrvatske zatvorenike koji su bili političari, nacionalistički ekstremisti, ili inače nepoželjni u Sanskom Mostu, pošalje u logor VRS u Manjači. To je trebalo dogovoriti s 1. krajiškim korpusom, u koordinaciji s policijom iz Banje Luke i Sanskog Mosta. Dana 22. juna ili oko tog datuma, srpska policija je odvela preko dvadeset muškaraca iz zatočeničkog objekta Betonirka i ubila ih na Partizanskom groblju u Sanskom Mostu. Dana 27. juna 1992. godine ili oko tog datuma, lokalni rezervisti srpske vojske ušli su u zaselak Kenjari, gde su zarobili oko dvadeset muškaraca, natjerali ih u jednu kuću i ubili većinu njih bacivši u tu kuću ručnu bombu.
Tokom prve nedjelje mjeseca jula 1992. godine, srpske snage su iz zatočeničkog centra Betonirka, u kamionu s ceradom, odvele 65 zatočenika muškaraca u logor VRS u Manjači. Osamnaest muškaraca umrlo je na putu od posljedica dehidracije i iscrpljenosti zbog vrućine. Pošto su stigli u Manjaču, tri muškarca su određena da utovaruju mrtve i onesviještene u kamion.
Dana 1. avgusta započelo je granatiranje sela Lukavice. Ubrzo nakon što je započelo granatiranje, srpski vojnici ušli su u selo. Zarobili su oko 14 nenaoružanih muškaraca Bošnjaka iz zaseoka Alibegovići, odveli ih prema potoku u blizini susjednog sela Budima, gde su ih likvidirali.
Dana 2. novembra, u Donjim Kruharima kod Sanskog Mosta, po kratkom postupku je pogubljeno pet bosanskih Hrvata, nakon što su njihove lične dokumente pregledali vojnici koji su za sebe rekli da pripadaju Šešeljevoj vojsci.
Negdje u julu 1992. godine, Vlado Vrkeš je objavio da oni koji žele da odu iz Sanskog Mosta moraju podnijeti molbu opštini i policiji da im se izda dozvola za odlazak. Nesrbi su bili prisiljeni da navedu da odlaze svojevoljno i morali su svu svoju imovinu ostaviti srpskim vlastima. U avgustu 1992. godine, održan je prvi sastanak sa UNPROFOR-om, da bi se olakšala deportacija nesrpskog stanovništva Sanskog Mosta, Prijedora i Bosanskog Novog. Do kraja godine, hiljade Bošnjaka i Hrvata bilo je prisiljeno da napusti Sanski Most i potpiše da svu svoju imovinu ostavljaju srpskim vlastima.
Jedinice VRS su u Sanskom Mostu vršile pljačkanje i oduzimanje bošnjačke i hrvatske imovine širokih razmjera i uništavale bošnjačke i hrvatske vjerske objekte. Godine 1992, srušena je većina džamija i katoličkih crkava u opštini.
Sredinom 1995. godine, Armija BiH je napredovala i prijetila da zauzme opštinu Sanski Most. Nedeljko Rašula, predsjednik opštine, u septembru 1995. godine pozvao je Arkana i njegove vojnike da zaustave napredovanje Armije BiH. Stigli su u velikom broju, po svemu sudeći iz pravca Vukovara, što su neki svedoci zaključili na osnovu tablica na vozilima, te su okupili preostale muškarce Bošnjake, uhapsili ih i zatvorili u hotelu "Sanus" u Sanskom Mostu negdje oko 19. septembra 1995. godine. Neki svedoci su tamo čak vidili Arkana i Nedeljka Rašulu. U hotelu "Sanus", oko 30 muškaraca Bošnjaka držano je u maloj kotlarnici u izuzetno skučenom prostoru i nehigijenskim uslovima, gde su ih čuvari surovo tukli. Dvojica muškaraca su umrla od posljedica teških batina.
Oko 20. septembra 1992. godine, u ranim jutarnjim časovima, Arkanovi ljudi su autobusom odvezli nekoliko muškaraca zatvorenih u hotelu u jednu nenastanjenu kuću u selu Trnova, u blizini Sanskog Mosta, gde su ubijali dvojicu po dvojicu. Sve žrtve su bile ubijene hicem u leđa, osim dvije žrtve koje su preklane. Da bi se uvjerili da su žrtve mrtve, na kraju su im ispalili po metak u glavu. Samo je jedan čovjek preživio. Druga grupa od trideset ili više zatvorenika dopremljena je otprilike u isto vreme u Sasinu, gdje je izvršeno slično masovno pogubljenje. Poslije nekoliko dana, preostali zatvorenici iz kotlarnice u hotelu premješteni su u drugi logor u Sanakeramu, bivšoj fabrici keramičkih pločica. Zatvorenici su i tu fizički i psihički zlostavljani, a ubijeno je još 10 muškaraca. Dana 10. oktobra 1995. godine, Armija BiH zauzela je to područje i oslobodila zatvorenike.
