Kotor Varoš se nalazi u sjevernom dijelu centralne Bosne, zapadno od Teslića i južno od Čelinca. Godine 1991, Kotor Varoš je imao 36.853 stanovnika, od kojih su 38% bili Srbi, 30% Bošnjaci i 29% Hrvati. Na višestranačkim izborima 1990. godine, SDS je dobila oko 36% glasova, HDZ 31 %, a SDA 30%. Premda je dobila samo 36% glasova, SDS je insistirala na tome da dobije preko 50% mjesta u opštini. Prijateljski odnosi među strankama počeli su da se pogoršavaju krajem 1991. godine.
Do kraja januara 1992. godine, SDS Kotor Varoš osnovao je Krizni štab (kasnije preimenovan u Ratno predsjedništvo), u skladu s "Uputstvom" Glavnog odbora SDS od 19. decembra 1991. (koje se još naziva i dokument o varijantama A i B). Krizni štab je bio u bliskom kontaktu s vojskom. Pukovnik Peulić je prisustvovao sjednicama Kriznog štaba i naglašavao potrebu za koordinacijom između vojske, specijalnih jedinica i policije. Pokazalo se da su ti kontakti bili od ključnog značaja za preuzimanje vlasti u gradu Kotor Varoš ujunu 1992. godine.
Dana 12. juna 1992. godine, Krizni štab je uveo policijski sat za cijelu opštinu, zatvaranje svih ugostiteljskih objekata i razoružavanje nesrba. Zaključeno je da se na svim važnim položajima zaposle Srbi, uključujući MUP i VRS, da je regionalno Ratno predsjedništvo Kotor Varoši svjesno situacije u Kotor Varoši, te da ih Srbija snabdijeva opremom. Srbi, potpomognuti paravojnim jedinicama i vojskom SRJ, započeli su preuzimanje vlasti u Kotor Varoši - mnoga sela u opštini, uključujući Ćirkiće, Hanifiće i Večiće, brutalno su "očišćena".
Srpsko preuzimanje vlasti u Kotor Varoši bilo je od početka do kraja brutalno i nasilno. U toku preuzimanja, uhapšeni su mnogi nesrbi (uključujući i istaknutije ličnosti) i odvedeni u policijsku stanicu Kotor Varoši, gde su ih ispitivali, tukli i mučili. Neki su podlegli batinama. U junu i julu 1992. godine, policija bosanskih Srba hapsila je nesrbe. Bosanski Srbi koristili su nekoliko improvizovanih pritvorskih objekata, uključujući osnovnu školu u Maslovarama, policijsku stanicu, kotorvaroški zatvor, školu u Kotor Varoši i pilanu, gde su mnoge zatočenice silovane. Najugledniji članovi zajednice odvedeni su u zgradu Kriznog štaba u Banjoj Luci. Neki od zatvorenika koji su se nalazili u školi odvedeni su da kopaju vojne utvrde na liniji fronta. Uslovi su bili veoma loši i zatvorenici su bili podvrgnuti teškim batinama, a neki su ubijeni. Krizni štab je znao za logore. Krizni štab je naredio da se nesrpsko stanovništvo angažuje na prisilnim radovima.
Krizni štab je vršio blisku kontrolu nad masovrum egzodusom nesrpskog stanovništva iz Kotor Varoši. Oni koji su odlazili morali su svoju imovinu ostaviti opštini. Dana 14. jula 1992. godine, Ratno predsjedništvo se žalilo na to da iseljavanje stanovništva "nije ispunilo očekivanja" i izdalo naredbu da se organizuje agencija koja će se pozabaviti tim problemom na organizovaniji način. Vlada RS i Predsjedništvo RS bili su uključeni u konačno prisilno premeštanje nesrba iz Kotor Varoši. Đekanović je izjavio da se egzodus Bošnjaka "i sve aktivnosti provode na osnovu naređenja Vlade Predsedništva RS".
Godine 1992, za vrijeme napada na Bajram, Srbi su uništili džamije u Kotor Varoši i Vrbanjcima. Eksplozivom je razorena džamija u Hrvaćanima.
Dana 25 . juna, za vrijeme operacije srpske policije, vojnika i specijalnih jedinica, ubijeno je oko dvanaest do petnaest Bošnjaka u Domu zdravlja i njegovoj blizini. Dana 13. avgusta ili oko tog datuma, srpski vojnici, koji su djelovali na području oko Dabovaca, u jednoj staji su likvidirali najmanje 17 nesrba i potom je zapalili. Tokom 1992. godine, došlo je do masovnog pljačkanja i uništavanja privatne imovine nesrba, kao i do uništavanja svih džamija i katoličkih crkava.
Dana 23. septembra 1992. godine, načelnik CSB Banjaluka Župljanin je najavio "konačni sukob i čišćenje terena" u Kotor Varoši, u zajedničkim naporima sa VRS. Najužasniji masakr u Kotor Varoši desio se u školi u Grabovici 4. novembra 1992. ili oko tog datuma, kad su pripadnici VRS ubili više od 150 bošnjačkih zatvorenika. Te su se žrtve predale dan ranije u Večićima, nakon što su nekoliko mjeseci pružale otpor.